超聲波清洗機清洗物品時，先將要清洗的物品放入清洗籃中，再將清洗籃放入清洗液中。絕對不允許將要清洗的物品直接放入清洗槽中。清洗槽的底部是換能器，超聲波清洗機的超聲波是由換能器的電源進行的，如果將被清洗的物體直接放入清洗槽中與底部換能器相撞，容易損壞儀器，不能發揮最佳的超聲波效果。另外，壓在排水孔的側面也會使熱量不散發出去，容易損壞儀器。
注意：超聲波清洗機在清洗物品時，籃子的網孔會引起超聲波衰減，所以要特別注意，所以最好盡量使用10mm以上的網孔。